на сколько я понимаю, подключение комментариев через выбор категорий работает только со стандартным com_content?
пока - да, сделаю разделение настроек по компонентам - список категорий будет для каждого компонента свой, но там придется немного и интеграции править...
просто FLEXIcontent работает с теми же категориями, но на него эти настройки никак не действуют.
более того, ставлю через flexi в настройках категории комментарии-нет, и всё равно они появляются при выводе конечного материала.
кому писать?

ну я думаю стоит поговорить с Emmanuel'ем, ибо в принципе, мне кажется нет никаких проблем сделать управление доступностью комментариев из настроек категорий FLEXIcontent. В частности, в K2 именно из элементов и можно управлять доступностью комметариев. И это мне кажется более гибко, чем из самого компонента комментариев. Ибо каждый раз при добавлении категории бегать и включать ее в комментариях не очень удобно.