В joostina.sql последние строки:
# 1.3.0.1
ALTER TABLE `#__content_frontpage` ADD INDEX ( `ordering` );
ALTER TABLE `#__sections` ADD INDEX ( `access` );
ALTER TABLE `#__sections` ADD INDEX ( `published` );
ALTER TABLE `#__content` ADD INDEX ( `hits` );
Эти индексы не несут большого смысла или оптимизации, т.е. не критичны для созданных сайтов. Но с другой стороны - они не помешают новым.
Обновление от версии к версии - процесс творческий, которым не каждый пользователь может и хочет заниматься.
Обновление файлами - это намного проще и более подробно описано на форуме. Обновление базы - более опасно и ответственно.
Скорее всего именно эти два условия и помешали в тот момент указать что для обновления надо править базу. Хотя те кто следит за разработкой и может безопасно произвести обновление индексов и понимает зачем это - скорее всего заметили правки в файле базовой структуры: http://code.google.com/p/joostina/source/detail?r=734&path=/tags/joostina_v1.3.0_stable/installation/sql/joostina.sql
Тем не менее упущение и свою ошибку признаю, постараюсь впредь давать более широкие описания по обновлениям...
