Выяснил я наконец-то источник данной проблемы!
В файле includes/sef.php есть строка
$url_array = explode('/',$_SERVER['REQUEST_URI']);
Соответственно, она без разбору просто тупо делит всю строку на параметры по слешу.
И если в строке есть ещё и GET-параметры, например content/blogcategory/9/36/?_openstat=dGVzdDsxOzE1 то в обработку поступают и они, хотя не должны!
Итого, я добавил перед этой фунцией проверку на наличие GET-параметров и вырезание их из обработки. На всё остальное повлиять это не должно.
Для того чтобы исправить проблему необходимо строку
$url_array = explode('/',$_SERVER['REQUEST_URI']);
заменить на:
$url4parse = $_SERVER['REQUEST_URI'];
if(strpos($url4parse,'?'))
$url4parse =substr($url4parse,0,strpos($url4parse,'?'));
$url_array = explode('/',$url4parse);
У меня на всех сайтах после этих правок сразу всё заработало, побочных проблем никаких не обнаружил. Так что кто сталкивается с такой же проблемой - можете пользоваться.