Посмотрел патчвей и вот что получилось:
1. Если в любом меню есть опубликованные ссылки на разделы или категории, в которых находится статья на которую идет ссылка, то ссылка из статьи формируется почти нормально (вариации с присутствием/отсутствием категории, разделы есть всегда).
2. Если в меню нет ссылок на разделы и категории статьи, то патчвей не показывается вобще.
Так-же нашел маленькую неувязку в pathway.php
if ($Itemid == $home_menu->id) {
switch ($option) {
case 'content':
я думаю что опшена "content" не бывает, но если сделать его com_content, то в патчвей начианет лезть лишнее.