Да. Я сделал по-другому.
Взял дамп БД и залил на голую Joomla. Поменял шаблон и стало нормально, но появилась другая проблема.
Изначально на сайте были включены ЧПУ (использовались алиасы материалов/разделов/меню). Если алиасы не использовать, то сайт работает, но если их включить, то загружается только главная страница, и переходов нету - Ошибка 404.
htaccess по умолчанию таков.
# -FrontPage-
IndexIgnore .htaccess */.??* *~ *# */HEADER* */README* */_vti*
<Limit GET POST>
order deny,allow
deny from all
allow from all
</Limit>
<Limit PUT DELETE>
order deny,allow
deny from all
</Limit>
AuthName is-standard.com
AuthUserFile /home/isstanda/public_html/_vti_pvt/service.pwd
AuthGroupFile /home/isstanda/public_html/_vti_pvt/service.grp
И еще. Есть ли какая-то возможно делать ссылки в материалах на другие материалы более разумно. А то писать типа "index.php/.....id=54" или "index.php/article-test/ не очень. Нельзя ли как-то указывать в ссылке id и всё ? А то где-то пару алиасом надо поменять и все ссылки внутри материалов тянутся в никуда...