Стандартными средствами - никак. Нестандартными - переписать часть логики компонента, запрос к базе можно использовать прежний, а вот шаблон комментариев нужно будет делать другой, без JS. В общем возни довольно много будет.
А что касается RSS, то, что при отключенном JS не видно иконки с RSS, это еще не значит, что RSS нет. Если на странице есть комментарии, то в заголовке страницы ОБЯЗАТЕЛЬНО будет тег с ссылкой на RSS, который прекрасно видят поисковики.
<link href="/index.php?option=com_jcomments&task=rss&object_id=1&object_group=com_content&format=raw" rel="alternate" type="application/rss+xml" title="Welcome to Joomla!" />
или вот так (если включен SEF):
<link href="/index.php/component/jcomments/feed/com_content/1" rel="alternate" type="application/rss+xml" title="Welcome to Joomla!" />
Так что поисковик может без проблем увидеть ссылку на RSS, а по ссылке получить все комментарии к данной странице.
Хм, как вариант, можно попробовать взять какой-нибудь модуль, который умеет показывать RSS, опубликовать его под статьей в теге NOSCRIPT, и скормить этому модулю RSS-ленту комментариев к статье. По идее может получиться дешево и сердито.