Насколько я понял в шаблоне режется код который стоит внутри тега <h2>. У себя на форуме сделал следующее.
Файл components/com_kunena/template/default/view/message.php
<h2>
<span class="kmsgtitle<?php echo $this->escape($this->msgsuffix)?> kmsg-title-bottom">
<?php echo $this->subjectHtml ?>
</span>
<span class="kmsgdate kmsgdate-bottom" title="<?php echo CKunenaTimeformat::showDate($this->msg->time, 'config_post_dateformat_hover')?>">
<?php echo CKunenaTimeformat::showDate($this->msg->time, 'config_post_dateformat')?>
</span>
<span class="kmsg-id-bottom">
<a name="<?php echo intval($this->id)?>"></a>
<?php echo $this->numLink ?>
</span>
</h2>
Заменил на
<span class="kmsg-id-left">
<a name="<?php echo intval($this->id)?>"><?php echo $this->numLink ?></a>
</span>
<h2>
<span class="kmsgtitle<?php echo $this->escape($this->msgsuffix)?> kmsg-title-left">
<?php echo $this->subjectHtml ?>
</span>
<span class="kmsgdate kmsgdate-left" title="<?php echo CKunenaTimeformat::showDate($this->msg->time, 'config_post_dateformat_hover')?>">
<?php echo CKunenaTimeformat::showDate($this->msg->time, 'config_post_dateformat')?>
</span>
</h2>
но это временное решение, сейчас ищу где шаблон ковыряет его.