проценты куда? сторонний модуль ставится, и все. % вы платите только банку. смотрите, все просто. есть банк, который предоставляет услуги эквайринга. есть интернет-магазин (JoomShopping), для которого должен быть написан платежный модуль, который связывает интернет-магазин и этот банк. если у банка нет такого модуля для нужного вам интернет-магазина, то его надо писать. для этого банк имеет АПИ (протокол взаимодействия банка с интернет магазином) и предоставляет доступ к его документации. если ему надо ssl - предоставляет бесплатно либо заставляет его приобрести. банк физически не может иметь в наличии модули для всех интернет магазинов. у него есть АПИ, но модуль для конкретного интернет-магазина пишет сам, либо заказывает разработку, либо покупает / скачивает если есть готовый, непосредственно владелец интернет магазина. вот и все