Транслитерация в медиа менеджере - Joomla 2.5: Настройка и оптимизация

Как при создании нового каталога и при закачке файлов с русскими названиями в медиа менеджере включить транслитерацию?

Такого нет в функциях медиа менеджера.
Вы просто загружаете в папку файл, с тем названием, которое у него есть.

Если нужно переименовать, то через FTP или панель хостинга.
А лучше сразу сохранять файлы в транслите, чтобы потом не переименовывать.