нашел ответы на вопросы.
1. Вопрос такой если я сделаю стандартным шаблон beez и подправлю скрипты в шаблоне какие возможны последствия, например при обновлениях или безопасности?
Ответ: При обновлениях файлы шаблона не перезаписываются и с шаблоном ничего не случиться, то есть отображаться будет все также как и прежде. Что же касаеться безопасности то рекомендуется те компоненты которые вызывыются из папки шаблона после обновления просмотреть и подправить под себя.
2.И ещё один вопрос как создать шаблон чтобы в нем была такая же папочка со скриптами вывода инфы только для этого шаблона?
Ответ: в папке шаблона создаем папку html. потом копируем файлы по такому принципу (В принципе достаточно перекопирывать только *.php файлы)
файлы компонента
[PfadzuJoomla}/components/com_content/view/article/tmpl/*.*
файлы используемые шаблоном
[PfadzuJoomla}/templates/[MyTemplate]/html/com_content/article/*.*
пути к файлам нужно создавать с учетом тех компонентов которые используются
Такой метод использования скриптов из папки шаблона имеет преимущества так как при обновлении всей системы страница на вид не меняется, а перед обновлением не надо тестировать всю систему, достаточно если необходимо подправить компоненты самого шаблона что можно сделать и при работающей системе.