Ну так поделись с общественностью - что ты там наредактировал...
Просто не дочитал до конца файл. )
Там есть такой кусок кода закоментированный:
########## Начало раздела SEF сторонних разработчиков или Core SEF
########## Используйте этот раздел, если вы используете SEF-расширения типа OpenSEF, 404_SEF, 404SEFx, JoomSEF, SEF Advance и т.д.
#
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(/component/option,com) [NC,OR] ##опционально - смотрите примечания##
RewriteCond %{REQUEST_URI} (/|\.htm|\.php|\.html|/[^.]*)$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule (.*) index.php
#
########## Конец раздела SEF сторонних разработчиков или Core SEF
Я его раскоментировал и всё заработало.
Ну ещё поигрался с
Options +FollowSymLinks
RewriteBase /
