http://silverghost.org.ua/2008/06/07/chmod-i-s-chem-ego-edyat/
выходит это поиск, тогда вопрос иначе ставлю - используют ли скрипты эту функцию (поиск по папкам)?
...или можно везде отключить это?
Зависит от хостера и его настроек!
Иногда, для корректной работы, необходимо для каталогов выставить права 777.
А бывает достаточно и 755.
Зависит от того, насколько часто вы будете производить обновления системы (движка).
На большую часть каталогов можно выставить более жесткие права.
Попробуйте и сразу увидите, как себя поведет движок.