Огромное спасибо за подсказку. Проблема решена.
Эта ошибка связана с тем, что при загрузке файлов на сервер, имена файлов были автоматически переведены в нижний регистр, и вместо папки phpInputFilter была создана phpinputfilter. На unix и linux системах это разные папки, поэтому Joomla и не может найти данный файл.
Чаще всего такая ошибка возникает при использовании FTP-клиента из файлового менеджера TotalCommander.
Для решения проблемы переименуйте данную директорию соблюдая правильный регистр: phpInputFilter.
Весьма ценное дополнение от boston:
Помимо указанной директории, в Joomla есть еще некоторые названия файлов/папок которые созданы в рАзнОМ РеГистРе: (patTemplate, Archive, Cache/Lite) и файлы ( Function.php, Tar.php). При загрузке файлов через TotalCommander имена данных файлов и папок также переведутся в нижний регистр. Однако, ошибки появятся не при первом запуске, а лишь при обращении к этим файлам/папкам. Поэтому, если у вас Joomla не находит один из перечисленных файлов, самое лучшее что можно предложить - перезалить всю папку includes с уже выключенной опцией перевода в нижний регистр.
Для безболезненного использования TotalCommander при работе с FTP стоит снять галочку с опции "Переводить в нижний регистр". Эта настройка появляется при начале копирования файлов на удаленный FTP.
