Я убрал из стандартного .htaccess все закомментированные строки, кое-что добавил и вот что получилось:
DirectoryIndex index.html index.php
AddDefaultCharset utf-8
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.sit.ru$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://sit.ru/ [R=301,L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index.php
RewriteCond %{REQUEST_URI} (/|\.php|\.html|\.htm|\.feed|\.pdf|\.raw|/[^.]*)$ [NC]
RewriteRule (.*) index.php
RewriteRule .* - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%{HTTP:Authorization},L]
RewriteCond %{QUERY_STRING} mosConfig_[a-zA-Z_]{1,21}(=|\%3D) [OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} base64_encode.*\(.*\) [OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} (\<|%3C).*script.*(\>|%3E) [NC,OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} GLOBALS(=|\[|\%[0-9A-Z]{0,2}) [OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} _REQUEST(=|\[|\%[0-9A-Z]{0,2})
RewriteRule ^(.*)$ index.php [F,L]
SecFilterEngine off
php_value session.save_path "...абсолютный путь.../tmp/"
Сайт с расширениями вроде бы работает, стоит ЧПУ Атрио. Но может, есть какие-то лучшие варианты?