Пока никак.Вообще, разные ItemID и множество ссылок на один и тот же материал - это как по мне один из главных недостатков Joomla. В результате не только появляются проблемы с такими компонентами, как карта сайта, но и другие проблемы, среди которых - усложнение индексации сайта поисковиками из-за множества дублирующих друг друга ссылок. Надеюсь, в Joostina этот недостаток когда-нибудь будет устранен...
Впрочем, как один из вариантов борьбы с этой бедой (это скорее костыль, а не вариант) - минимизация количества ItemID.
Например, можно делать пункт меню таблицей с содержимым раздела, а дочерние пункты этого меню - не таблицами с содержимым категорий этого раздела, а простыми ссылками. И вручную прописывать туда ссылки с таблицы, полученной после перехода по родительскому пункту меню. Понятно о чем речь?
Я сейчас делаю именно так при создании двухуровневых меню, и лучшего варианта пока не нашел.
