В текущей реализации это не совсем возможно, однако после выпуска текущей версии у меня есть большое желание несколько изменить настройки компонента и перенести настройку категорий из общих настроек компонента в настройки плагина Content - JComments. Либо, как вариант, продублировать их там.
Первый вариант вроде бы более корректен (так как эти категории относятся только к com_content, и никакого отношения к другим компонентам не имеют), и, по идее, должны быть вынесены куда-то вне общих настроек. Например, в плагин, который и добавляет к материалам комментарии. Но тут есть одна проблема, при этом будет утеряна совместимость с Joomla 1.0 и Joostina, потому как там в плагине (мамботе) чтобы получить доступ к параметрам, нужно выполнять дополнительный запрос к БД, а это нехорошо.
Второй вариант, тоже имеет некоторые недостатки. В плагине мы можем легко реализовать настройку как разделов, так и категорий. Но в основных настройках только категории, и возможна путаница.
В принципе, есть еще один вариант решения данной задачи. Хранить в БД не идентификаторы категорий, в которых разрешены комментарии, а чуть более сложную структуру, что-то вроде имякомпонента/раздел/категория. Например, вот так:
com_content/12/152
com_content/12
И уже где-то внутри разбирать такие значения на куски, для каких-то компонентов они будут состоять только из 2-х значений (имя компонента и категория), для каких-то из 3-х. Учет же этого будет производиться уже внутри компонента.
Этот вариант наверно более приемлем, но потребует доработки как самого ядра JComments, так и плагинов поддержки интеграции, входящих в дистрибутив компонента. Обещаю над этим подумать, но не в ближайшие 2 недели точно.