На Joostina это нормальное поведение, я не делал вырезки скриптов для Joomla 1.0 - там просто нет соответствующих событий, у Joostina это сделать можно, но учитывая тот факт, что большая часть пользователей JComments все-таки сидит на 1.5, в дистрибутив такое включать пока не буду.
На Joomla 1.5 скрипты и CSS должны вырезаться, если на странице не опубликованы комментарии. А раз нет - значит баг. Исправляется довольно просто. Открываем /plugins/system/jcomments.php и заменяем:
$regexpJS = '#(\<script src="[^\"]*\/com_jcomments\/[^\>]*\>\<\/script\>[\s\r\n]*?)#ismuU';
на
$regexpJS = '#(\<script(\stype=\"text\/javascript\")? src="[^\"]*\/com_jcomments\/[^\>]*\>\<\/script\>[\s\r\n]*?)#ismU';
В следующих версиях компонента это уже будет исправлено.