Не знаю нужен ли ответ, но решил отписаться.
Многие сjветы перекодировать таблицы не помогали, поэтому начал разбираться, посмотрел в сам компонент JoomSEF и увидел что он создает таблицы в базе данных в кодировке по умолчанию которая стоит(т.е. в той которой была создана база данных). Самой жомле это по-барабану.
т.е. нужно зайти в phpmyadmin, зайти в нужную базу данных, клацнуть на ссылку ОПЕРАЦИИ(которая ввверху окна справа), и потом внизу страницы выбрать сравнение БД (из выподающего списка ывбрать нужную кодировку, в моем случае utf8-general_сi(вроде так пишеться%)))
