Загружать .csv файл с двумя столбцами: product_name, product_price. Таким образом можно быстро обновить цены любого количества позиций.
product_name (имя товара) в Вашем прайс-листе должно полностью совпадать с именем товара в VirtueMart.
Если в прайсе и в магазине совпадают артикли, используйте их вместо имени.
В настройках шаблона CSVI, которым будете делать импорт, нужно поставить галочки:
Перезаписывать существующие записи;
Игнорировать несуществующие товары;