RT сделали поддержку обновлённого mootools во всех своих шаблонах с 2008 года. В Changelog об этом написано к каждому шаблону. Ставьте самую последнюю версию.
Отсутствие конфликта скриптов означает, что скрипты, используемые в шаблоне не приводят к конфликту с новой версией mootools, которая появилась в последних версиях Joomla. По умолчанию она отключена. Но всё больше компонентов её используют.
А собственно сам конфликт приводит к снижению производительности, либо к неправильному отображению чего-либо на сайте. Можно открыть сайт в IE и посмотреть, если в левом нижнем углу появляется желтый значок, что выполнено, но с ошибками. И при просмотре подробнее, он ругается, что какой-то js файл привёл к ошибке. То это и есть скорее всего конфликт скриптов.
Иногда помогает в шаблоне просто сменить тип меню. Например к такому глюку может приводить меню, использующее jquery скрипт.
Ещё к такому багу в Kunena могут привести какие-то модули, ускоряющие загрузку сайта. Которые сжимают js файлы или делают с ними что-либо ещё. Иногда эти модули могут быть встроены в сам шаблон, а пользователь об этом даже не знает. Такие модули лучше отключать на время установки, а потом тщательно проверять, какие из их настроек могут привести к конфликту скриптов или какому-либо ещё глюку.