Возникла проблема, когда вместо двух версий сайта, было три - "site.ru" "site.ru/ru" "site.ru/en"
Решение:
1. Plugins - JFRouter: удалил "SEF Prefix" ru, и оставил поле пустым.
2. (с)
pyhФайл modules/mod_mainmenu/helper.php строка 351, заменить:
$tmp->url = JURI::base();
на
$tmp->url = str_replace(array($tmp->route.'/', $tmp->route), '', JRoute::_( $tmp->url ));
Теперь у меня site.ru - русская версия, site.ru/en - английская (в меню главная страница тоже будет /en)
site.ru/ru - 404.
Надеюсь будет кому-то полезно.