в настройках секции и типа есть параметр Target Itemid, который определяет какой itemid будет у всех ссылок на категории и статьи соотвественно.
например, если в типе выставлена ссылка с itemid = 2, а модуль content list выставлен для отображения только на главной странице (itemid = 1), то при переходе на статью из модуля ссылка получит itemid = 2 и модуль не отобразится на странице статьи.
Если же в типе не выставлено значения для Target Itemid параметра, то ссылки будут строится с учётом itemid текущей страницы, т.е. набор модуей будет сохранятся.
если вы выставили значение Target Itemid, отличающееся, от значения страницы модуля и по прежнему видите модуль на странице статьи, то это ошибка о которой нужно написать разработчикам
.