Решила это так, кстати, решается также как для Joomla 1.5.
1) Переименовать этот файл, как пишут htaccess
2) в разделе Сайт в админке - отметить да в "Использовании перенаправления ссылок"
На этом этапе у меня изменения не сохранялись - писали, что конфигурационный файл не может сохранить изменения.
3) В ftp - права доступа правой к файлу - изменила на 777 для configuration и .htaccess
После этого уже все сохранилось, конфигурационный файл все изменил и index.php из url исчез.
Как сказал бы Гришковец "настроение улучшается..."
Пусть у Вас тоже получится решить эту проблему.
