Разбиение на страницы при древовидной структуре - Настройка внешнего вида

Во-первых, вы испортили функцию подсчета количества комментариев для объекта, и она будет "врать", считая только комментарии первого уровня. Это мягко говоря неправильно. Да и зачем, там есть параметр $filter, через который можно легко и быстро добавить нужное условие (только там, где это требуется - при вычислении номера страницы).

		#if ($canComment == 0) {
		#	$total = JCommentsModel::getCommentsCount($object_id, $object_group);
		#	if ($total == 0) {
		#		return '';
		#	}
		#}

		$total = JCommentsModel::getCommentsCount($object_id, $object_group, $config->get('template_view') == 'tree' ? "\nAND level = 0" : "");

Во-вторых, есть сомнения в производительности при более-менее "ветвистом" обсуждении (т.е. допустим когда речь идет о 5-7 уровнях комментариев) - поле path и было заведено для разбивки на страницы, но производительность я не измерял. Изначально планировалась динамическая загрузка дерева, по частям.

В-третьих надо проверить, будет ли работать функция навигации к комментарию по ссылке. Т.е. при оригинальной постраничной навигации если в URL присутствует идентификатор комментария, то будет активизирована нужная страница и будет осуществлен переход к комментарию. Сходу не уверен, сработает ли это в описанной модификации.

Папка upload заполнена. Попробуйте файл меньшего размера или свяжитесь с Администратором. 

Спасибо за подсказку, вернул getCommentsCount в первоначальный вид и поправил соответствующим образом getCommentsTree
кстати там пришлось закомментировать блок

Тут я согласен, не совсем красивое решение с "like", но лучшего я в данном случае не придумал. Была мысль добавить в таблицу #__jcomments поле topparent в которое для всех дочерних элементов заносить id предка 0 уровня (т.е. это второй элемент в поле path), тогда по этому полю можно было построить индекс и вопросов с производительностью бы точно не возникло. Но это потребовало бы еще правки файлов jcomments.ajax.php и jcomments.class.php, в части сохранения комментария или написания плагина. Я правильно понимаю, что можно написать плагин на событие onAfterCommentChanged и вставить в него обновление указанного поля?

Была еще мысль поправить сортировку по убыванию дат. Текущий вариант с исправлением getCommentsList (сортировка по c.parent, c.date DESC) не совсем корректен, т.к. сортирует по дате комментария первого уровня, а хотелось бы чтобы при ответе на комментарий вся ветка "всплывала" на верх. Для этого нужно в таблице #__jcomments нужно поле update_time - обновления ветки. При сохранении комментария будет обновляться update_time у записи начала ветки (ее id мы можем взять из path)

В данной модификации это не работало
P.S. хотел добавить вложение с последней версией измененных файлов, но выдалась ошибка, файл с архивом 22 кБ

не совсем понятно, почему не работало... внесенные  изменения не должны влиять на тот кусок кода. Проверьте на всякий случай еще раз... Бывают конечно исключения, но вообще у меня лишние куски кода редко встречаются.

$total = JCommentsModel::getCommentsCount($object_id, $object_group, $config->get('template_view') == 'tree' ? "\nAND level = 0" : "");
if ($canComment == 0 && $total == 0) {
	return '';
}

ну это можно обновить по сути одним SQL-запросом, в принципе, действительно, введение некоего поля thread_id, которое бы у всех вложенных комментариев вело на корневой комментарий ветки решило бы проблему с LIKE, и сделало бы ненужным поле path (разве что оставить его для динамической загрузки ветки). Я подумаю, может быть действительно добавлю такое поле.
...
если добавить thread_id, то это будет очень просто и быстро

Обновите первое сообщение темы, разместив в нем актуальные изменения во всех файлах, и замените приаттаченный файл на более свежий.

А мне она понадобилась, но при наличии прав на написание комментариев переменная $total не вычислялась.

Было бы замечательно внести эти дополнения в компонент. Если нужно, могу сделать все необходимые правки, включая интерфейс админки (дабы сэкономить ваше время, для более актуальных дел). Только наверное, лучше это сделать уже после выхода новой версии.

обновил.