Да мне исходная постановка вопроса не совсем понятна для начала.
Как можно разнородные базы объединять, да ещё без потерь вложенности и т.п - это только тебе виднее.
Наверное надо сесть сначала с бумажкой и ручкой и нарисовать все существующие, чтобы перед глазами было и в одном месте.
Тогда и нагляднее будет что на что менять.
