Просто оставлю это тут, т.к. уже решил проблему:
При обновлении тоже всё застревало на шаге
Migrating undefinedFatal error: Uncaught exception 'Exception' with message 'Unknown column 'id_level' in 'field list' SQL=INSERT INTO `jos_users` (`id`,`name`,`username`,`email`,`password`,`usertype`,`block`,`sendEmail`,`registerDate`,`lastvisitDate`,`activation`,`params`,`id_level`,`country`,`downloaded`,`uploaded`,`exemption`,`minratio`,`pass`,`can_leech`,`wait_time`,`peers_limit`,`torrents_limit`,`torrent_pass`,`torrent_pass_version`,`torrent_pass_secret`,`multiplier_type`,`download_multiplier`,`upload_multiplier`) VALUES ('6','Admin','speed','admin@domain.com','sasw33ddfffeaadd1e972f93b73934:sFF4wfDFF8fGClhcj5sTyQdc8OaD','Super Administrator','0','0','2010-11-10 00:39:48','2013-05-12 18:08:05','','{\"admin_language\":\"\",\"language\":\"\",\"editor\":\"\",\"helpsite\":\"\",\"timezone\":\"UTC\"}','2','0','3004174','0','0','1','','1','0','1','1','fe3cbe92eb5defe955333cac99db3f4e','0','0','1','1','1')' in C:\Apache2\htdocs\old\Administrator\components\com_jupgrade\includes\jupgrade.class.php:347 Stack trace: #0 C:\Apa in C:\Apache2\htdocs\old\Administrator\components\com_jupgrade\includes\jupgrade.class.php on line 347
И эта ошибка была не одна, а повторялась бесконечно полотенцем вниз всё увеличиваясь и увеличиваясь. Одинаковая ссовершенно.
Я сначала не вчитывался в неё, и сделал всё, что советовали выше и правее, но ничего не помогло, и пришлось почитать =)
Увидел "Stack trace: #0 C:\Apa in" и подумал, а почему c:\Apa ? В логах апача ошибок не было, путь в формате 8.3, как такое может быть? Подумал, что это он в лог видать так сокращённо написал, и это не ошибка

Потом увидел `torrents_limit`,`torrent_pass`,`torrent_pass_version`,`torrent_pass_secret`, и вспомнил, что я ставил торрент трекер, который уже не актуален. Удалил его.
И до кучи удалил форум, который тоже уже давно упразднён.
Всё - проблема решена, всё далее пошло как по сливочному маслу 82% жирности.