Было такое, вылечил убиванием файла шаблона (установленного в данный момент) по имени pagination.php Как я понимаю этот файл (один или несколько, зависит от шаблона) вступает в конфликт с аналогичным(-и) файлом/файлами самой Joomla. Как вариант через файлопоиск найдите все файлы pagination.php и тот/те которые относятся к шаблону - заархивируйте по очереди, и смотрите на изменения (не забывая чистить кеш) ну а потом наверно и вовсе удалить его/их можно. Может не совсем профессиональное решение, но на моих сайтах работает корректно.
Успехов!
p.s. да, и посмотрите чтоб в плагинах было включено - "Контент - Навигация по страницам" (content pagenavigation)
