На сайте появился фрейм с адресом https://ads.panoramtech.net/track.php?client=tac - Joomla 2.5: Настройка и оптимизация

Как его оттуда убрать, где он может сидеть, по поиску ничего не дает, видимо зашифрован

скорее всего вас ломанули, и прописали эту бяку, и её удаление это еще не конец истории, а ссылкой на сайт может проще будет вам помочь

Расширения Joomla, скачанные с каких-либо варезных веб-сайтов были/имеются на сайте?

самое простое, это произведите поиск среди файлов (например Тотал-Командер) по ключу panoramtech - если выводится в фрейме только этот адрес
Но эта Бяка может быть зашифрованной - тогда нужно произвести поиск по base64 (метод шифрования) или frame и посмотреть найденные строки