Вообще варез зло, но пробуйте искать eval в файлах шаблона.
Да перерыл вроде везде, я то в принципе сильно и неумею но упёртый)))) вот кусок из шаблона куда вставил noindex и три из внешних закрылись а две остались
<!-- Start Main Body -->
<?php if($this->countModules('left')) { ?>
<div id="s5_leftcolumn" style="width:<?php echo ($s5_left_width) + 1;?>px;">
<div class="s5_backtopleft"></div>
<div class="s5_backtopmiddle_l"></div>
<div class="s5_backtopright"></div>
<div style="clear:both;"></div>
<div class="s5_backmiddleleft">
<div class="s5_backmiddleright_l">
<div class="s5_backmiddlemiddle_l" id="s5_modleft">
<?php if ($is_ie6 == "yes") { ?>
<div style="position:relative;">
<?php } ?>
<jdoc:include type="modules" name="left" style="rounded" />
<?php if ($is_ie6 == "yes") { ?>
</div>
<?php } ?>
<div style="clear:both;"></div>
</div>
</div>
</div>
вот тут--> <noindex><div style="clear:both;"></div>
<div class="s5_backbottomleft"></div>
<div class="s5_backbottommiddle_l"></div>
<div class="s5_backbottomright"></div>
</div>
<?php } ?>
<div id="s5_mainbodywrap">
<div class="s5_backtopleft"></div>
<div class="s5_backtopmiddle_m"></div>
<div class="s5_backtopright"></div>
<div style="clear:both;"></div>
<div class= <div class="s5_backmiddleleft">
<div class="s5_backmiddleright_m">
<div class="s5_backmiddlemiddle_m" id="s5_modmiddle">
<?php if ($is_ie6 == "yes") { ?>
<div style="position:relative;">
<?php } ?>
<?php if($this->countModules('user1') || $this->countModules('user2')) { ?>
<div id="s5_positions">
<?php if($this->countModules('user1')) { ?>
<div id="s5_user1_<?php echo $user23; ?>">
<jdoc:include type="modules" name="user1" style="rounded" />
</div>
<?php } ?>
<?php if($this->countModules('user2')) { ?>
<div id="s5_user2_<?php echo $user23; ?>">
<jdoc:include type="modules" name="user2" style="rounded" />
</div>
<?php } ?>
</div>
<div style="clear:both;"></div>
<?php } ?>
<jdoc:include type="message" />
<jdoc:include type="component" />
<?php if ($is_ie6 == "yes") { ?>
</div>
<?php } ?>
<div style="clear:both;"></div>
</div>
</div>
</div>
<div style="clear:both;"></div>
<div class= <div class="s5_backbottomleft"></div>
<div class="s5_backbottommiddle_m"></div>
<div class="s5_backbottomright"></div>
</div>
<?php if($this->countModules('right')) { ?>
<div id="s5_rightcolumn" style="width:<?php echo ($s5_right_width) + 1;?>px;">
<div class="s5_backtopleft"></div>
<div class="s5_backtopmiddle_r"></div>
<div class="s5_backtopright"></div>
<div style="clear:both;"></div>
<div class="s5_backmiddleleft">
<div class="s5_backmiddleright_r">
<div class="s5_backmiddlemiddle_r" id="s5_modright">
<?php if ($is_ie6 == "yes") { ?>
<div style="position:relative;">
<?php } ?>
<jdoc:include type="modules" name="right" style="rounded" />
<?php if ($is_ie6 == "yes") { ?>
</div>
<?php } ?>
<div style="clear:both;"></div>
</div>
</div>
</div>
<div style="clear:both;"></div>
<div class="s5_backbottomleft"></div>
<div class="s5_backbottommiddle_r"></div>
<div class="s5_backbottomright"></div>
</div>
<?php } ?>
<div style="clear:both;padding-bottom:12px;"></div>
<!-- End Main Body -->