Индексации не касается, но всё же ...
То, что я бы сделал (всё личное, имхо):
1. Я бы юзабилити меню сменил бы:
Главная / О компании / Магазин / Доставка и оплата / Гарантии и возврат / Контакты
2. Верхнее меню сделал бы фиксированным, т.к. там важная информация для клиента при покупке, а она у вас при скроле теряется:
т.е. при скроле верхнее меню на месте, главное меню дошло до верхнего и тоже зафиксировалось.
3. Вместо даты-обратный звонок (вам очень важно везде на сайте на самом видном месте уведомлять клиента, какое сегодня число?).
4. В главное меню вправо впритык перенёс бы поиск и сделал интерактивным (без перезагрузки страницы:связка rockajaxsearch+joomsh.search).
5. Т.к. поиска (допустим уже нету в шапке), убрал бы блок с телефоном также, сделал бы 2 блока по горизонтали: логотип (с телефоном на одной картинке)+модуль (прокрутка нужных кликабельных товаров (новых например или тех, что вам надо продать).
6. Левую колонку увеличил бы по ширине, так, чтобы было всё в 1 строку: сократит высоту блока, визуально-приятнее.
7. Модуль Категории сменил бы на Ice Jshopping Categories, плюсы: выпадение без кликов вправо, автоматическая иконка раздела, экономия места (не выдвигается вниз, колонка на месте).
8. Модуль корзины заменил бы на Jshopping Cart Ext.+ AJAX.Плюсы:экономия места(товар будет в выпадающем блоке), удобства клиенту (не нужно кликать, чтобы посмотреть и переходить на страницу корзины (кстати, у вас после перехода модуль корзины пропадает).
9. Наведите CSS в списках товаров, в сопутствующих и во многом другом: у вас цены налазят на картинки, кнопки "хороводы строят" и т.д.
10. Установить плагин System - Modal messages: информирование клиента (и всех техн.сообщений) во всплывающем окне.
11. Добавить фавикон.
12. Убрать кнопку внизу "В начало", заменить (например на Skyline Scroll to Top) : при скроле появляется, видна везде, а не только в самом низу.
13. Счётчик вставить в футер (например вместо кнопки "В начало").
14. Навести красоту в самом подвале (футере): сделать нужную информацию по блокам: меню, категории, контакты и т.д.
15. Пройдитесь ещё раз по модулям: у вас те или иные модули то там, то там не показываются.
16. Навести красоту в CSS самого магазина: таблицы, формы и т.д.
17. Навести красоту в самих страницах сайта.
***
Решил вот такой список вам сделать на своё усмотрение, не знаю, насколько вам это важно и сделаете ли вы хотя бы какие-то пункты.