seo-шный htaccess создает конфликт с правкой модулей с фронта (RewriteRule.* %1.html [r=301, L]) - страница 2 - Поисковая оптимизация, продвижение сайтов на Joomla (SEO)

Robots надежный, ни один нормальный поисковик не будет его игнорировать. А вот редирект - всего лишь заголовок, который отдаётся клиенту. Этот заголовок говорит: "Перейди на другую страницу". Клиент может и проигнорировать. Так что надежность тут совершенно одинаковая.

По поводу robots нашел следующую информацию:
"Есть одно «но»:  файл robots — это только рекомендация для поисковых машин, а не правило, которому они абсолютно следуют. Если, например, на такую страничку поставлена ссылка то она попадет в индекс." 
т.е. если у какого-нибудь компонента будет явно висеть или неявно генерироваться ссылка на site.ru/index.php , то она получается попадает  в индекс несмотря на рекомендацию robots.txt?

Если бы это было так, то robots был бы абсолютно бесполезен, но это не так.