Написать свой плагин
https://docs.joomla.org/J3.x:Creating_a_Plugin_for_Joomla, который создаёт ссылку случайного вида, типа .../5f02f0889301fd7be1ac972c11bf3e7d.pdf, можно ограничить срок жизни ссылки и т. п. При заходе по такой ссылке, плагин считывает только ему известный файл с реальным именем и отдает браузеру пользователя. Примерно так.
Наверно уже готовые такие расширения есть.
Ограничение доступа просто к странице, думаю, понимаете, никак не отменят доступ к файлу по прямой ссылке для незарегистрированных пользователей.