как то нелогично 
есть дверь, за ней еще одна. на каждой замок. если ключа от первой нет, то не важно есть ли ключ от второй. первую мы все равно не пройдем. тут вы логично говорите. но дальше - если у нас есть ключ от первой, то разве это значит что автоматически и вторая для нас открыта?
Все голова лопнула. Ну в идеале конечно, отдавать приоритет, той группе у который больше прав.
Ну тобишь если группа в материал не совпадает с группой в меню, к примеру Все и Зарегистрированные(все равно у кого что), то посмотреть могут только Зарегистрированные. Но увы я даже не представляю как такое провернуть на Joomla где группы и уровни могут создавать пользователи.
Но вот проверку в материале я бы делал и если материал привязан к прунтку меню и группы не совпадают отдавал бы приоритет пункту меню. Дабы исключит любое недопонимание. Так же как и с настройками и прочим пункт меню в приоритете. Но это только с точки зрение удобства для тех кто забыл и работает исключительно в частном случае. когда материал(не категория) привязан к пункту меню.
Хотя и тут можно всю голову сломать, когда начинаешь думать о категории.
Но так или иначе. не поленился в полез в модель и глянул, был не прав пункт меню не причем, но правда нашел пару условий
// If the access filter has been set, we already know this user can view.
// If no access filter is set, the layout takes some responsibility for display of limited information.