На мой взгляд, если смотреть "в лоб", в базовом варианте в плане SEO нет тут никаких преимуществ у одной системы перед другой. Оптимизация в большинстве случаев, потребует определённых манипуляций, например на уровне переопределения макетов, как в одном, так и в другом случае (этот момент в MODX реализован даже в некоторой степени удобнее, чем в Joomla).
Но тут скорее играет роль тот факт, что по Joomla в разы больше информации - система хорошо изучена, с ней работают множество студий и фрилансеров, а это значит что если сайт не статичен и предполагается его развитие - Joomla предпочтительней. В конечном итоге, это вам обойдётся дешевле - система действительно весьма гибкая и в общем-то можно относительно просто реализовать очень многое. Большое количество сторонних компонентов на любой вкус и кошелёк, опять же.
Это если смотреть на перспективу, на несколько лет вперёд.

Если же речь о какой-то разовой рекламной кампании и о продвижении по паре запросов - вряд ли переход на Joomla даст какое-то преимущество. Всё равно надо будет ещё "допиливать", что в совокупности с "переездом" выльется в некие не всегда приемлемые суммы... Но с тем же успехом, в общем случае можно "допиливать" и MODX.

Просто с ним чуть сложнее (и дороже) получится, я думаю, но зато без "переезда".
В общем, при стратегических задачах - лучше Joomla и перенос сайта. Для решения тактических задач - перенос не целесообразен, если вы считаете деньги.
У меня на постоянном обслуживании есть один сайт на MODX, разработанный сторонним человеком (который потом куда-то слился). Не могу сказать, что система вызывает отвращение - некоторые моменты весьма интересно реализованы. Но информации по CMS довольно немного, а это всё несколько усложняет и в итоге выливается в большие суммы для заказчика (если сравнивать с сайтами на Joomla) - времени на него уходит больше. Впрочем, я допускаю, что тут играет роль моя некомпетентность в MODX, но пока заказчика всё устраивает.
Всё описанное выше - мнение, не претендующее на объективность.
