Скрытие заминусованных комментариев планируется, причем в ближайшее время. Но не в новой версии, а скорее всего в одном из минорных билдов, после выпуска стабильного релиза. Ничего сложного там в принципе нет - все реализуемо на уровне шаблона.
А что касается много или не много 10 лишних запросов. То посчитайте сами - возьмите сначала стандартные запросы от Joomla (а их будет не менее 10), добавьте к ним 4-5 стандартных запроса JComments (чтение настроек, получение информации о состоянии подписки, получение списка комментариев, получение общего количества комментариев и т.д.), и вот уже получается, что на страничке будет не 10, а все 30 запросов. А если таких страничек 1000? И на придет 1000 пользователей?
Кстати, на ближайшее будущее запланирована еще одна новая функция - группы пользователей по количеству комментариев. Это позволит создавать произвольное количество групп пользователей, зависящих от количества комментариев. Каждой группе можно будет назначить некое изображение (например медальку или звание), а в будущем - вполне возможно и какие-то дополнительные права. Так вот на этом этапе, в БД компонента будет добавлена дополнительная таблица для хранения всякой информации (количество комментариев, положительные и отрицательные оценки полученные пользователем, и выданные им). Вот тогда, то что сейчас у вас делается кучей запросов можно будет сделать без лишней нагрузки на БД.