Сталкнулся с такой же проблемой. Стоит версия 3.52.6
файла конфигурации com_remository_settings.php как такого в данной версии не существует, все настройки пишутся в базу в табличку downloads_repository
UPDATE `ваша база`.`downloads_repository` SET `Max_Up_Per_Day` = '500',
`Max_Down_Per_Day` = '500',
`Max_Down_Reg_Day` = '100',
`Max_Down_File_Day` = '500' WHERE `downloads_repository`.`id` =0 LIMIT 1