У меня где-то более год назад, была тоже инъекция в сайт ... заметил не сразу, а backup на выделенный сервер мой хостер делает на 7 дней (сайт и база)... ну написал чтоб перезалили из backup ...
В оконцове получается, что сайт был заражен уже более 7 дней, то бишь залили с той же инъекцией - и хостер даже не обмолвился об этом, я скачал все файлы на комп с хоста, проверил докторомWEB, анивирус нашел много зараженных файлов (index ... php и html) вредоностным кодом, вот тогда я попотел "ручной" работой.
о хостере (я там с 2008)... поддержка нормальная (от 10 до 30 мин.), отвечают на емейл, и если что надо, делают) не было еще такого случая, чтоб в молчанку играли или чем-то отказывали (в пределах разумного конечно)...