Вот оно что. Значит видимо в этом и есть проблема.
И как теперь поступить, мне шаблон понравился, хотелось бы его приспособить. Или придется новый выбирать?
Шаблон Pheonix от JoomShaper (http://demo.joomshaper.com/?template=pheonix&j=17)
Если правильно понял о чем это(сорри, но я не гуру, я только учусь), то у меня было нечто похожее. Шаблон Vertex от Shape5
Именно: в моем шаблоне топ-меню выводится специальным модулем, от фирмы S5, чей и шаблон, собственно, а не стандартное джумловское топ-меню.
Удалось проблему решить исключительно методом тыка (может, и криво очень, я не гуру, я учусь).
Я все меню на разных языках сконцентрировал в Main Menu(All), а во всех языковых Main Menu(RU)(UK)(//)... я оставил только пункт Home. Вобщем, получается то, что написал выше bzzik, но только у меня наоборот, все в дефолтном меню, а новые пустые.

Дублировать все пункты из разных языков в дефолтовское Main Menu не нужно. У меня вообще в Main Menu (All) только один пункт Home.
Конечно, несколько коряво, и в меню там жах, запутаися, 100500пунктов, спасает только кнопка "отсортировать по языку". Но, зато, работает.

А в разных Main Menu не работало.
Вот, можно переключать языки и убедится, что работает:(
http://seamanjob.de.) Сайт пустой фактически, но не суть, не обращайте внимания, смотрите меню.
У меня вся проблема была в этом модуле, что выводит меню вверху. У вас тоже, наверное.