как убрать сумму доплаты - [VM1] Оплата и доставка

Не проверял. Попробуйте здесь:
\administrator\components\com_virtuemart\classes\ps_payment_method.php
стр.424-429

Код

if ($discount > 0.00) {
echo " (- ".$CURRENCY_DISPLAY->getFullValue(abs($discount)).") \n";
}
elseif ($discount < 0.00) {
echo " (+ ".$CURRENCY_DISPLAY->getFullValue(abs($discount)).") \n";
}