Ну вам не нужно ничего никуда прописывать, для CSS делаете папку, опять же в любом месте, не только в папке шаблона, но можно и в ней и подключаете стиль в HTML в head шаблона. Папки в папке шаблона можно создавать в любом количестве, вы наврено немного неправильно представляете себе функционирование CMS (Joomla) и сервера на котором она работает (это немного разные вещи).
XML файл от шаблона BEEZ20
<files>
<folder>css</folder>
<folder>html</folder>
<folder>images</folder>
<folder>javascript</folder>
<folder>fonts</folder>
<folder>language</folder>
<filename>index.html</filename>
<filename>index.php</filename>
<filename>templateDetails.xml</filename>
<filename>template_preview.png</filename>
<filename>template_thumbnail.png</filename>
<filename>favicon.ico</filename>
<filename>component.php</filename>
<filename>error.php</filename>
</files>
Это название папок и файлов шаблона, но эта информация используется для установки шаблона. И если в папке шаблона нет какой-либо нужной папки, то ее можно просто создать, а Joomla сама разберется с ней, ибо есть папки которые используются Joomla типа "html" для переопределения шаблонов вывода модулей и компонентов или каке-либо папки которые могут быть использованы фреймворком (если установлен шаблон использующий какой-либо фреймворк) и все эти папки движок либо джемла, либо фреймворка найдет и сам, без указания этих папок в xml
А есть папки, которые не связаны напрямую с функционалом движка, шаблона и так далее, это папки с CSS, ява скриптами, картинками, да с чем угодно - их можно размещать в любом месте, нужно только правильно их подключать в HTML коде сайта.
Ссылок по структуре и созданию шаблонов в интернете много, погуглите. Как установить шаблон правильно - через менеджер расширений, как его установить вручную - зависит от шаблона и используемых расширений связанных с ним и в некоторых случаях фреймворков.
UPD
Вы не задумывались что ваш скрипт может конфликтовать с уже существующими на сайте? Может и правда ему нужна какя-либо библиотека, то что он работает на другом сайте не гарантия что будет работать точно так же на другом сайте.