Вот предлагаю вариант:
Из всего что я видел это самый роботоспособный код (ставил в шаблон версия Joomla 2.5)
Саму флешку кинул в корень сайта. Нет конечно можно прописать темплей\папка\флешка. Не вижу в этом смысла.
object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="
http://fpdownload.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=8,0,0,0" id="TopFlash" align="middle" width="100%" height="100%">
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="movie" value="top.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="wmode" value="transparent" />
<param value="noScale" name="scale" />
<param value="opaque" name="wmode" />
<embed src="top.swf" wmode="opaque" scale="noScale" quality="high" wmode="transparent" name="TopFlash" allowscriptaccess="sameDomain" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="
http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" align="middle" width="100%" height="100%" /></object>