Время шло, а ответ покоя не давал.
Так что решил к нему вернуться. 
И вот к чему пришел.
В Joomla, как обычно, всё уже есть, только нормальной инструкции нет.
на Joomla.org тоже ни чего толкового не нашел, поэтому полез читать реализацию (тобиш код).
Оказалось все очень просто. У Joomla есть специальный адаптер для установки библиотек: <site>\libraries\joomla\installer\adapters\library.php
Библиотеки можно ставить такими же установочными пакетами, как, скажем, компоненты, плагины и прочее.
И так по шагам.
1) собираете в папке вашу библиотеку (все папки/файлы)
2) делаете стандартный xml-манифест, как, например, для модуля.
Те же теги: 
name, 
version, 
description, 
creationdate и т.д. В тег 
files оборачиваете список файлов/папок вашей библиотеки примерно таким манером:
	<files>
		<filename>index.html</filename>
		<filename>myfile1.xml</filename>
		<filename>myfile2.xml</filename>
		<folder>myfolder1</folder>
		<folder>myfolder1</folder>
	</files>
 Указанные папки будут с копированы целиком со всеми файлами и подпапками, так что описывать их содержимое нет надобности.
Подробнее по манифесту можно посмотреть здесь <site>\libraries\joomla\installer\librarymanifest.php
Важное замечание в манифесте библиотеки добавляется тег libraryname, отвечающий за имя папки, в которой будет храниться ваша библиотека. Путь указываете относительно общей папки библиотек, т.е. чтобы ваша библиотека была здесь: <site>\libraries\mylibrary - в манифесте вы пишете так: <libraryname>mylibrary</libraryname>
Ещё один важный момент. 
В теге extension атрибуту type нужно присвоить значение library.
3) делаете из получившегося zip-архив и ставите/удаляете, как обычное расширение.
И будет вам (и мне 

 ) счастье.
Таким образом легко можно устанавливать библиотеку хоть отдельно, хоть в пакете. И не бояться, что случайно сам же снесешь вместе с каким-то расширением.
Ну, а про подключение уже все хорошо написано выше.
Впрочем, кто в ладу с английским, то может ещё здесь посмотреть: 
 Using own library in your extensions