При переопределении шаблонов модулей mod_ksenmart_categories и mod_ksenmart_simple_search в новом шаблоне, остаются подключёнными JS скрипты mod_ksenmart_categories.js и default.js из файлов mod_ksenmart_categories.php и mod_ksenmart_simple_search.php соответственно.
Почему бы не перенести подключение в файлы шаблонов в модулей, например в tmpl/default.php, чобы они не мешали в новом шаблоне?