Судя по всему. пытаетесь внедрить bootstrap3. Не советую начинать с него, т.к. много заморочек с разметкой, начните с bootstrap2, благо он уже встроен в J3. Если все же настаиваете на bs3, то почитайте внимательнее
http://bootstrap-3.ru/css.php, конкретно - о сетке.
<div class="col-xs-3">
<img src="images/Banner1.jpg" />
</div>
А что, картинки с баннерами будут висеть постоянно на всех страницах, не меняясь? Может туда лучше модульные позиции прописать?
<div class="col-xs-6">
<?php if($this->countModules('position-9')) { ?>
<jdoc:include type="component" />
<?php } ?>
</div>
<div class="col-xs-6">
<?php if($this->countModules('position-0')) { ?>
<jdoc:include type="modules" name="position-0" style="none" />
<?php } ?>
</div>
Дважды вывод блока с шириной 6, когда по бокам уже присутствуют блоки с шириной 3, итого у Вас уже 18, при максимально допустимом 12.
К тому же Вы выводите компонент при условии наличия модуля в позиции - неправильно: если модуль в позиции не опубликован, компонент ничего не покажет, иначе будет показан только компонент - в позиции нет вывода модуля.
Правильнее:
<div class="col-xs-6">
<div class="component">
<jdoc:include type="component" />
</div>
<div class="pos9">
<?php if($this->countModules('position-9')) echo '<jdoc:include type="modules" name="position-9" style="html5" />'; ?>
</div>
<div class="pos0">
<?php if($this->countModules('position-0')) echo '<jdoc:include type="modules" name="position-0" style="html5" />'; ?>
</div>
</div>
Обратите внимание на стиль вывода модулей - html5: для bs другой мало подходит, а стиль none вообще лишает Вас многих прелестей управления выводом модулей в J, крайне специфичный вариант.