Выводит баннеры с главной! - AdsManager

Проблема когда с главной переходишь по категориям или в объявление то оно выводит баннеры которые должны быть только на главной!

Это потому, что вы переходите на страницу, у которой нет своего пункта меню и активный id остаётся всё тот же. Можно решить:
а) сделал пункты меню на категории объяв.
б) поставив AdvancedModulesManager. Там есть опция «выводить даже без активного itemID» или как-то так.
в) обернув в индексном файле вашу позицию в условие проверки на главную страницу.