Подключить jquery - Разработка расширений для Joomla

Доброго дня. Помогите разобраться, есть сайт - fitolady.ru - простой лендинг. Столкнулся с проблемой - Jquery подключен так:
<?php
defined('_JEXEC') or die;
JHtml::_('jquery.framework');  <<--- собственно вот

При этом в хедере в фаербаге отображается подключенный Jquery. Так вот мне сейчас понадобилось написать кастомный js файл, для слайдеров, скрола и т.д. При его подключении - custom.js - функция плавного скрола не работает. Причем самое интересное, если я руками уберу jquery.min.js из media/jui/... и подключу опять же руками через скрипт в индекс файле, то плавный скрол работает, но перестает работать админка Joomla)))

Помогите пожалуйста понять, как правильно сделать..Вопрос довольно срочный

Можно ли js и CSS подгружать в header
Поправил ссылку 

]Можно ли js и CSS подгружать в header]]Можно ли js и CSS подгружать в header[/url]

Ссылка не рабочая

Как вы подключаете ваш custom.js? На странице он у вас после jquery подключен?

JHtml::_('jquery.framework', false, null, false);
Это подключит jq только единожды.
Смотрите в консоли, что не так с вашим custom.js