Медленная выдача при попадании на несуществующую страницу - Joomla 2.5: Настройка и оптимизация

Имеем Joomla 2.5 c количеством материалов 15 000 +
Включен SEF родной
Сервер i7 CPU 960 @ 3.20GHz, 8 cores, 24Gb RAM

Стал замечать, что иногда сервер очень сильно тупит, рассматривал логи и увидел такую картинку. Если обратиться к несуществующей странице с двумя или тремя вложенными папками (site.ru/odin/dwa/tri/filename.php) то имеем полное сканирование таблицы _content и в итоге тормоза. Плагинов сторонних нет, все отключал.

При обращении к site.ru/jis.php моментально получаем 404 в джумловской обертке
При обращении к site.ru/sdag/jis.php чуть задумываемся и получаем 404 в джумловской обертке
При обращении к site.ru/sdag/dag/jis.php задумываемся на 15-20 секунд и получаем 404 в джумловской обертке ( при этом съев 620mb памяти, увеличивал до предела ибо Allowed memory exhausted)

Как видите выше при получении порядка 50 запросов от какого либо «сканнера» и сервер ляжет, дисковая система уйдет в глубокий IO WAIT, включенный отладчик выдает 22 запроса к базе и порядка 60мб использованной памяти. Отключение SEF решает проблему, но мне нужны короткие понятные урлы.

Отчасти не по теме, но советую перейти на Joomla 3. Там тип таблиц сменился на INNODB.
Если MySQL оптимизировать под INNODB (мой опыт http://joomlaforum.ru/index.php/topic,305097.msg1529457.html#msg1529457), то вся база может кэшироваться в оперативке и это существенно быстрее оказалось для операций чтения.

С такими проблемами не сталкивался, правда под 2.5 уже не осталось сайтов. На 3.2 проверил, быстро отдаётся 404, роста потребления оперативки нет. Материалов около 2500 опубликованных и около 6000 в архиве, сервер в 5 раз скромнее.
В error.php в шаблоне ничего лишнего нет?

К сожалению пока нет возможности перейти на 3.2, много компонентов переписывать под свои нужды и совместимость с 3.2. error.php практический пустой, стандартный т.е.

Сама база у меня весит всего 88.7 МБ, при этом tmp таблицы в памяти создаются по 200-400mb.

Сейчас проверял  ab -kc 20 -t 600 http://site.ru/sdag/dag/jis.php - сайт падает, темповые таблицы по 400мб...