А параметр "Уровни подкатегорий" в каком значении у Вас?
Попробуйте выставить параметр:Все
Параметр стоял именно "Все"
Поставьте модули, каждый выводит материалы в виде функционала блога из опр.категории/подкатегории и показывает в модуле миниблог.
Модулей масса, на вкус и цвет.
А меню открывает страницу с этими модулями, всё зависит от вашего дизайна шаблона и дизайна модулей.
***
А если красивее-я бы сделал табы вверху(или неважно где), при клике-переключать можно категории, не перегружая страницу, и вся страница имеет свои материалы в виде блога при клике.
А если ещё красивее-сделать в виде слайдера, табы меняются и показывают категории, пока не наведёшь мышкой и не "затормозишь" чтоб читать и выбрать материал. 
например 4 секунды(для рекламы время):
<script src="jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
<script src="путь скрипта/скрипт.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
$("#rotator > ul").tabs({fx:{opacity: "toggle"}}).tabs("rotate", 4000, true);
});
</script>
принудительно можно тоже нажимать будет...
ну и стоп дописать или паузу....тут уже как хотите.
ну и вывод в хтмл+цсс
чото я разошёлся 
Вариант очень интересный. Но в моем случае, пока не обязателен.
Еще раз объясню. Представим себе каталог машин (общая категория "Машины"). Машины делятся на марки, BMW, Toyota, ВАЗ (это и будут подкатегории).
То есть все машины относятся каждая к своей категории и к одной общей.
Если мы категории BMW, Toyota и ВАЗ привяжем к категории "Машины", то при выборе в меню ссылки на блог категории "машины", увидим лишь несколько ссылок на подкатегории, BMW, Toyota и ВАЗ.
Joomla к сожалению не отображает материалы родительской категории, хотя по логике было бы правильно их показывать.
И хотелось-бы, чтобы при попадании на страницу родительской категории "машины", мы могли увидеть все машины, в независимости от марки, а при нажатии на марку машины, на странице подгружались бы машины лишь определенной марки (здесь хорошо, подошел бы эффект таба).
P.S. Не обязательно марки машин делать категориями. Возможно например относить весь товар к категории "машины", а марки делить посредством тегов, а уже по тегам фильтровать. Возможно ли это как-то реализовать? Кто сталкивался?