Helix 3 - sticky.js - Joomla 3.x: Шаблоны, разметка и макеты вывода

https://developer.mozilla.org/ru/docs/Web/CSS/CSS_Transitions/Using_CSS_transitions
Вот довольно хорошие примеры переходов.
Хотя использую на 1 скрипт меньше, чем вы, а именно stickUp.min.js и
    <script type="text/javascript">
      jQuery(function($) {
        $(document).ready( function() {
          $('.navbar-wrapper').stickUp({});
        });
      });
    </script>
А дивом navbar-wrapper оборачиваете всё, что вам нужно (в вашем случае полоску меню), а ней в CSS ваш выбранный переход.

Но раз вы уже сделали плагином тем, то к нему выбранный переход (по ссылке есть как и есть демки)

Попробуйте, повторюсь, ставить не хочу и не силён я в скриптах.
Может кто дельное подскажет правильное в теме для вашего скрипта, раз упорно его юзаете, подождите.
Просто мой вариант 100% рабочий, ваш не знаю.
Да и ещё я применяю wow.js и animate.css, поэтому у меня иные эффекты появления, отложенности и т.д. на сайте, и соответственно и с объектами в "залипашке".

И мне кажется это не совсем верно .stickUp({topSpacing:0}), т.к. в стили выносится же класс .stickUp
Хотя могу и ошибаться.

Вроде да.Только канвас (боковое меню) теперь настройте синхронно в CSS z-indexы.
А то прячется под div оно.

a.logo {
    height: 30px !important;
}
например так можно играться.

#sp-header.isStuck .sp-megamenu-parent >li >a {
  height: 45px;
  line-height: 45px;
  transition: 500ms;
}

Да.просто к диву объекта добавляете isStuck и делаете новый стиль в темплейте.цсс.
А в нём уже любые ваши фантазии для этого объекта при применении скролла и включении общего класса isStuck
Я же выше писал,isStuck-ваш класс для залипашки, соответственно и приставка к любому стилю для объектов в этом диве.

Спойлер

[свернуть]

А как сделать эффект при обратном скролинге?

Так у вас при обратном скролле ведь встаёт в первоначальное положение, когда достигаете настроек навбар-wrapper с его стилями.
Или вы про что?

а инициализацию сделали?вызов скрипта <script>new WOW().init();</script> ?

Ну вроде бы всё! Пошёл играться с меню) буду красоту наводить.
Ещё раз благодарю.

Удачи, если что-обращайтесь.