В ChronoForms, насколько я помню, есть возможность редактировать сгенерированный код формы вручную. Вкладка "Дизайн", кажется.
Можете там отредактировать код.
Но напрямую, без js-плагинов, Select2 или choosen, вряд ли получится добиться нужного результата.
Лучше, наверно, использовать в качестве обертки для чекбоксов не селект, а а какую-нибудь выпадалку по клику, стилизованную под селект.